实时荧光PCR在虹鳟源性成分鉴别中的应用

刘金玉1,季超2,靳佳瑞1,张芹1,郝韫1,解玉鑫1,冯宇赜1,李娟1,伍志强1,汪星宇1,郑文杰1*

(1.天津师范大学生命科学学院,天津 300387;2.云南农业大学云南生物资源保护与利用国家重点实验室,云南 昆明 650201)

摘 要:为鉴别食品中虹鳟源性成分,以线粒体ATP6 基因为靶点,设计虹鳟特异性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的引物、探针,利用实时荧光聚合酶链式反应(real-time fluorescent PCR,RT-PCR)技术,建立针对虹鳟源性成分的实时荧光PCR 快速检测方法;选取17 种市场上常见鱼类进行试验,结果均无扩增反应,同时通过DNA灵敏度试验,表明该研究建立的鉴别方法DNA 浓度灵敏度能达到0.1 ng/μL,且特异性良好。同时,利用该方法对市售的22 种商品三文鱼及其制品进行检测,结果显示10 种商品中含有虹鳟(Oncorhynchus mykiss)成分。该研究所建立的检测方法可用于对市售产品中虹鳟源性成分的鉴别,同时也表明虹鳟是市售三文鱼的主要鱼种之一。

关键词:虹鳟;实时荧光聚合酶链式反应;真伪鉴别;特异性;灵敏度

虹鳟肌肉中蛋白含量、脂肪含量以及必需氨基酸含量均高于青鱼、草鱼、鲢鱼等几种常见的淡水鱼[1-2],其骨中蛋白质和脂肪含量分别为20.69%和22.8%,不饱和脂肪酸含量为83.54%,均高于一般鱼类[3],所以虹鳟的需求量及产量都与日俱增;根据联合国粮农组织渔业统计数据, 从2008 年到2018 年全球虹鳟产量已从67.732 万吨增长到84.919 6 万吨; 就我国而言,2017 年我国冷水鱼产量在5 万吨左右, 其中虹鳟约占3.860 6 万吨[4]。作为美味又富有营养的食品而言,虹鳟食用方法很多,主要的商品有生鱼片、罐头、鱼糜、烟熏制品等,虹鳟鱼皮还可以用作胶原蛋白的提取[5]。由于部分商品在加工过程中形态学特征受到不同程度的破坏,通过商品形态无法对其是否源自虹鳟进行判别[6],所以常用核酸与蛋白质等方法对其真实性加以鉴别。 因蛋白质具有组织特异性且在食品加工过程中的高温、 高压以及高盐处理可能会使其发生变性,检测的准确性会受到影响[7]。 因此,基于核酸的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法成为目前用于水产品鉴别的主要方法。

实时荧光聚合酶链式反应(real-time fluorescence PCR,RT-PCR)检测在食品及鱼类产品中应用已较为广泛。 李秋阳等[8]对荧光定量PCR 检测在食品中的应用做了相应的介绍,方军等[9]利用实时荧光PCR 建立了对鱼翅这种加工要求较高的产品的检测方法,方法较为稳定可行;郭凤柳等[10]也开发了针对掺假肉类的PCR 检测方法;ZHAO 等[11]进行了以PCR-测流免疫分析法鉴定驴肉源性的研究;史莹莹等[12]建立了实时荧光定量PCR 鉴定肉制品中牛源性成分及其含量方法;罗建兴等[13]利用实时荧光定量PCR 法检测对食品中鹌鹑源性成分进行检测;汪艺等[14]对水产品中的鳕鱼建立了实时荧光定量聚合酶链式反应能快速鉴定3 种鳕鱼。 李进波等[15]用实时荧光PCR 法鉴定食品中鲑亚科鱼成分,并可用于市场上鲑科鱼及产品的检测。

本研究以虹鳟为研究对象,利用线粒体基因具有编码效率高、在不同区域进化速度存在差异和母性遗传等特点[16-17],针对虹鳟较其它鱼类在线粒体基因组上保守度相对较高的ATP6 设计特异性引物和探针[18-19],建立针对虹鳟源性成分的实时荧光PCR 检测技术,可用于检测市售的三文鱼产品是否含有虹鳟源性成分。

1 材料与方法

1.1 材料与试剂

待检测样品: 市售的三文鱼片4 份和网购的虹鳟鱼籽、烟熏、烤制及虹鳟生鱼片等18 份,详见表1。

表1 待检测样品列表
Table 1 List of samples to be tested

样品编号市售名称物种标识来源产地1三文鱼刺身未标识市售智利2三文鱼刺身未标识市售智利3三文鱼刺身未标识市售英国4三虹文鱼刺身未标识市售5鳟鱼子酱虹鳟网购丹麦6水浸三文鱼罐头未标识网购7橄榄油浸三文鱼罐头 未标识网购8酱香三文鱼大西洋鲑网购丹麦9盐烤三文鱼大西洋鲑网购10大西洋鲑鱼片大西洋鲑网购英国11香草三文鱼未标识网购12三文鱼瘦肉大西洋鲑网购丹麦13黑椒三文鱼未标识网购14冷冻烟熏三文鱼片 大西洋鲑网购挪威15惠扬烟熏三文鱼片 大西洋鲑网购16烟熏三文鱼未标识网购中国17虹鳟鱼片虹鳟网购大西洋18盐水三文鱼罐头未标识网购挪威19济宁虹鳟虹鳟网购中国20延边虹鳟虹鳟网购中国21甘肃虹鳟虹鳟网购中国22烟熏三文鱼片未标识网购中国

10 份虹鳟鱼样品: 青海民泽龙羊峡公司提供;带鱼、大黄鱼、中国芦花、尼罗罗非鱼、草鱼、鲅鱼、大眼鳜、鲫鱼、石斑、蓝鳍金枪鱼、黄鳍金枪鱼、大目金枪鱼、长鳍金枪鱼、锦鲤、大西洋鲑、多宝鱼、鲳鱼17 种非靶标鱼样品:市售。

动物组织基因组提取试剂盒:天根生化科技有限公司;引物和探针:由生工生物工程(上海)有限公司合成。

1.2 仪器与设备

LightCycler R 480 II 实时荧光定量PCR: 美国Roche 公司;3K15 台式高速冷冻离心机: 曦玛离心机(扬州)有限公司;HH-S3 数显恒温水浴锅:金坛市金南仪器制造有限公司。

1.3 方法

1.3.1 样品的制备

取0.1 g 样品,加入600 μL 去离子水,在5 000 r/min条件下匀浆40 s。

1.3.2 DNA 的提取

将分别匀浆后的样品,在6 000 r/min 条件下离心1 min,弃上清液留沉淀,使用动物组织基因组提取试剂盒进行样品DNA 的提取,作为PCR 扩增的模板。

特异性试验样品准备:用青海民泽龙羊峡公司提供的10 份虹鳟鱼样品和本研究中收集的其它17 个非靶标鱼类组织提取的DNA 来研究该方法的特异性。选取不同虹鳟鱼的DNA 样品10 份,经DNA 条形码技术验证后的带鱼、大黄鱼、中国芦花、秋刀鱼、尼罗罗非鱼、草鱼、鲅鱼、大眼鳜、石斑、蓝鳍金枪鱼、黄鳍金枪鱼、大目金枪鱼、长鳍金枪鱼、比目鱼、鲤鱼、大西洋鲑鱼、鲫鱼DNA 样品各1 份备用。

DNA 灵敏度试验样品准备:选取青海民泽龙羊峡公司提供的虹鳟鱼样品的DNA,原始浓度为50 ng/μL,用去离子水分别稀释为10、1、0.1、0.01、0.001ng/μL 备用,其中50、10、1、0.1 ng/μL 每个浓度做4 次重复试验;0.01、0.001 ng/μL 做8 次重复试验验证。

1.3.3 引物设计和选择

从NCBI 数据库中下载虹鳟、 大西洋鲑、 大马哈鱼、帝鲑、石斑、带鱼等25 种线粒体基因组全序列,利用Geneious Prime 2019 版对序列进行比对分析, 比对结果表明ATP6 基因在虹鳟中具有一定的保守性,利用软件Primer Premier 5.0 设计引物。 引物和探针序列如表2 所示。

表2 虹鳟引物及探针
Table 2 Primers and probes for Oncorhynchus mykis

引物、探针序列ATP6-FGTCCCACTGTGGCTTGCT ATP6-RGGGTTCCTTCAGGCAATAA ProbeACAGTAATTATCGGCATACG FISHTCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC FISHTAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA

利用DNA 条形码技术对样品进行验证[20-22],对收到样品进行针对线粒体COX I 基因的部分特异区段的通用(>99%)引物FISH F/R[23]测序,测序结果在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)进行序列比对,选取相似度最高的结果进行系统进化树的构建。

1.3.4 PCR 扩增

实时荧光PCR 反应体系为20 μL ∶0.2 μL 的TaKaRa Ex Taq HS(5 U/μL),4 μL 的10×Ex Taq Buffer,3 μL的dNTP 混合液(2.5 mmol/L),0.4 μL 的ATP6-F(10 μmol/L),0.4 μL 的ATP6-R (10 μmol/L),0.6 μL 的Probe(10 μmol/L),9.4 μL 的无菌水,2 μL 的DNA。

参照LightCycler480 II 实时荧光PCR 仪使用说明书及TAKARA 公司TaKaRa Ex Taq R Hot Start Version推荐的反应程序,设置反应程序:95 ℃预变性30 s,1 个循环;95 ℃变性10 s,60 ℃退火延伸30 s,40 个循环;40 ℃冷却30 s,1 个循环。

2 结果分析

2.1 样品真实性鉴定

利用DNA 条形码技术验证收集样品真实性和准确性的结果如图1 和表3 所示。 本研究所收集样品和NCBI 数据库序列比对相似度达99.9%。

表3 18 种鱼类样品名称及测序结果
Table 3 Names and sequencing results of 18 fish samples

样品编号 市售名称检测结果是否与市售名称一致A1带鱼NC_018791.1(Trichiurus lepturus)是A2大黄鱼NC_011710.1(larimichthys crocea)是A3 中国芦花NC_018045.1(Lateolabrax maculatus)是A4秋刀鱼NC_003183.1(Cololabis saira)是A5 尼罗罗非鱼NC_013663.1(Oreochromis niloticus)是A6草鱼NC_010288.1(Ctenopharyngodon idella)是A7鲅鱼NC_016420.1(Scomberomorus niphonius)是A8大眼鳜NC_015987.1(Siniperca knerii)是A9石斑NC_020046.1(Epinephelus fuscoguttatus)是B1 蓝鳍金枪鱼NC_014052.1(Thunnus thynnus)是B2 黄鳍金枪鱼NC_014061.1(Thunnus albacores)是B3 大眼金枪鱼NC_014059.1(Thunnus obesus)是B4 长鳍金枪鱼NC_005317.1(Thunnus alalunga)是B5 青海虹鳟鱼KP013084(Oncorhynchus mykiss)是B6比目鱼NC_002386.1(Sphingomonas ginsengisoli)是B7鲤鱼NC_018037.1(Cyprinuscarpiohaematopterus)是B8 大西洋鲑NC_001960.1(Salmo salar)是B9鲫鱼KU896992(Carassius gibelio isolate)是

图1 18 份样品的线粒体上COX I 的最大似然法和邻接法分子进化树
Fig.1 The maximum likelihood and neighbor joining molecular evolutionary trees of COX I on the mitochondria of 18 samples

2.2 特异性试验

选取青海不同虹鳟养殖场的虹鳟10 份,市售不同种类的鱼17 份,用引物ATP6-F/R 进行PCR 扩增,结果如图2 所示。

图2 虹鳟源性成分检测的特异性试验
Fig.2 Specific detection of rainbow trout-origin components

在32 个循环之前只对虹鳟进行了扩增, 对其它(大西洋鲑鱼、带鱼、大黄鱼、中国芦花、秋刀鱼、尼罗罗非鱼、草鱼、鲅鱼、大眼鳜、石斑、蓝鳍金枪鱼、黄鳍金枪鱼、大目金枪鱼、长鳍金枪鱼、比目鱼、锦鲤、鲫鱼)17种鱼、空白对照未见扩增曲线,说明该方法特异性良好,可用于虹鳟源性的样品的检测判定值为32 个循环,在32 个循环之前出现明显扩增曲线的,判定为阳性;在32 个循环之前未出现明显扩增曲线的,判定为阴性。

2.3 DNA 灵敏度试验

验证TaqMan 探针方法的DNA 灵敏度结果如图3 所示。

由图3 可知,在这6 个浓度梯中50、10、1、0.1 ng/μL在32 个循环前有扩增,0.01、0.001 ng/μL 在32 个循环之前无扩增,表明本方法的灵敏度为0.1 ng/μL。

图3 DNA 浓度灵敏度试验
Fig.3 Sensitivity of different DNA concentration

2.4 市售样品的检测结果

对表1 中1 号~22 号样品的检测结果如图4 所示。

由图4 可知,2 份市售三文鱼生鱼片和8 份网购的三文鱼及制品在32 个循环之前出现明显扩增曲线,判定为阳性即检出虹鳟源性成分, 另外2 份市售三文鱼生鱼片和10 份网购的三文鱼及制品在循环之前未出现明显扩增曲线的,判定为阴性即未检出虹鳟源性成分;对扩增结果进行测序分析,测序结果与测试结果一致。

图4 市售样品检测的DNA 扩增谱图
Fig.4 DNA amplification profile of commercially available samples

3 结论

本研究首先对收集的样品用线粒体COX I 基因的部分特异区段设计的引物FISH F/R 进行扩增测序,验证了收集样品的真实性;进而通过设计虹鳟特异性的引物探针, 建立了针对虹鳟源性成分的实时荧光PCR 检测方法,利用17 种市场常见鱼类进行检测,结果表明本方法特异性良好,并根据试验数据设定32 个循环以后出峰的是未检出样品,为阴性;经DNA 梯度稀释验证本方法的灵敏度为0.1 ng/μL, 对市售22 份标有鲑科鱼源性成分的样品进行测试,表明本方法可用于对市售产品中虹鳟源性成分的鉴别,同时也表明虹鳟是市售三文鱼的主要鱼种之一。

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Application of Real-time PCR in Identification of Rainbow Trout(Oncorhynchus mykiss)Source Components

LIU Jin-yu1,JI Chao2,JIN Jia-rui1,ZHANG Qin1,HAO Yun1,XIE Yu-xin1,FENG Yu-ze1,LI Juan1,WU Zhi-qiang1,WANG Xing-yu1,ZHENG Wen-jie1*
(1.College of Life Sciences,Tianjin Normal University,Tianjin 300387,China;2.State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Yunnan Biological Resources,Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,Yunnan,China)

Abstract:To identify rainbow trout(Oncorhynchus mykiss)-derived components in food,the ATP6 mitochondrial gene was selected as the target to design rainbow trout-specific primers and probes for polymerase chain reaction (PCR).Real-time fluorescent PCR enabled the rapid identification of rainbow trout-derived components.The assay was used for 17 common commercially available fish species.No amplification reaction was observed. The DNA concentration sensitivity was 0.1 ng/μL and was accompanied by good specificity. The assay was also used to test 22 commercial salmon and their products. Ten of these commodities contain rainbow trout ingredients.The developed detection method can be applied to identify rainbow trout components in commercial products.Rainbow trout was one of the main species of some commercially available salmon.

Key words:rainbow trout (Oncorhynchus mykiss);real-time fluorescence polymerase chain reaction;authenticity identification;specificity;sensitivity

DOI:10.12161/j.issn.1005-6521.2021.12.028

基金项目:青海省重大科技专项(2019-NK-A20-05B)

作者简介:刘金玉(1993—),男(汉),硕士研究生,研究方向:动物学。

*通信作者:郑文杰(1969—),女(汉),研究员,博士,研究方向:食品安全检测。

引文格式:

刘金玉,季超,靳佳瑞,等.实时荧光PCR 在虹鳟源性成分鉴别中的应用[J].食品研究与开发,2021,42(12):177-182.

LIU Jinyu,JI Chao,JIN Jiarui,et al.Application of Real-time PCR in Identification of Rainbow Trout(Oncorhynchus mykiss)Source Components[J].Food Research and Development,2021,42(12):177-182.

加工编辑:王艳

收稿日期:2021-03-04